日本对企业法人实行属地税制，在日本从事经济活动的法人企业都要就其经济活动中所产生的利润在日本纳税。征税主体为国家及地方政府（都道府县及市町村），征税对象为日本法人企业的全球收入，征税主体对各个征税对象拥有征税权。当征税对象包括境外所获利润时，为避免双重征税，制定了境外税额抵扣的规定，在一定范围内，可从日本的应缴税款中扣除境外已缴纳的税款。在日本开展业务的跨国公司，当其获得一定的应税收入时，通过办理源头课征（即代扣代缴）或申报缴纳的手续,计算和缴纳应征税额。为避免双重征税和逃税的发生，中国政府与日本政府于1984年签署了《中日租税条约》，1991年中国外资法改订后，双方政府又进行换文重新确认了某些变更条款。
日本针对企业和个人所得征收五种税，包括两种国税——法人税、个人所得税；三种地方税——都道府县民税、事业税、市町村民税。针对流通交易征收四种税，包括两种国税——登记许可税、印花税；两种地方税——房地产购置税、汽车购置税。此外，日本还针对消费和财产的所有、转移等征收消费税、遗产税、赠与税等其他约19种税目。
日本公司的法人税包含国税和地方税两大主体，此外还必须缴纳根据公司规模为计税标准的均摊税等。这样，包含地方税后的实际税率大约为42%左右。具体包括：
法人税
法人收入的22-30%。
法人居民税
（都道府县民税和市町村民税）法人税的17.3-20.7%及根据法人规模等计算的一定金额等。
法人事业税与地方法人特別税
法人收入的一定比例（各都道府县的税率有所不同，并非一定在该范围之内，注册资本超过1亿日元的法人须另行缴纳外部标准纳税）。
所得税
当获得利息、分红收入及其他收入时，原则上对在日本国内银行存款利息代扣代缴国税15%，地方税5%。
消费税
原则由最终消费者负担。2012年3月30日，日本政府内阁会议正式通过了消费税增税相关法案。2013年10月1日，日本首相安倍晋三正式宣布将于2014年4月1日把消费税由目前的5%提高到8%。同时，日本政府准备不迟于2015年10月进一步加税2%，将消费税再调高到10%。
事业所费
在东京都特别区、政令指定市及其他一些指定城市拥有营业所，且从业人员达到一定数量以上，营业所的建筑面积达到一定面积以上时缴纳。
固定资产税
拥有土地、建筑物或其他固定资产时缴纳。
汽车税
拥有汽车者缴纳。
印花税
填写、出具纳税文件及合同、发票时缴纳。
房地产购置税
获取土地、建筑物时缴纳。
